Molla Said, Van’da bulunduğu zamanlarda, bazı hususlarda o havâlinin ulemâsına muhâlif bulunuyordu. Bu hususlar şunlardır:
1. Kat'iyyen hiç kimseden hediye olarak para almamak ve maaş bile kabûl etmemek. Evet hayatta hiçbir maddî mülkiyeti olmayıp, fakir ve kimsesiz ve dâimî nefiy ve hapislerle çok sıkıntılı ve dehşetli musîbetler içerisinde yaşadığı hâlde kimseden para ve mukàbelesiz hediye almadığı, bilmüşâhede görülmüştür.
2. Hiçbir âlimden suâl sormamak. Yirmi sene zarfında, dâima ancak sorulanlara cevab vermişti. Bu hususta kendileri derlerdi ki: “Ben ulemânın ilmini inkâr etmem; binâenaleyh kendilerinden suâl sormak fazladır. Benim ilmimden şübhe edenler varsa sorsunlar, onlara cevab vereyim.”
3. Yanında bulunan talebelerini aynı kendisi gibi zekât ve hediye almaktan men'etmek… Onları da yalnız Rızâ‑yı İlâhî için çalıştırırdı. Hattâ çok zamanlar, talebelerini kendi iâşe ederdi.
4. Dâima mücerred kalmak ve dünyada hiçbir şeyle alâka peydâ etmemek… Bunun içindir ki: “Bütün malımı bir elimle kaldırıp götürebilmeliyim” demiştir. Bu hâlin sebebi sorulunca: “Bir zaman gelecek, herkes benim hâlime gıbta edecektir. Sâniyen, mal ve servet bana lezzet vermiyor; dünyaya ancak bir misâfirhâne nazarıyla bakıyorum” derdi.
Van’da bulunduğu vakit, merhum Vâli Tâhir Paşa, Avrupa kitaplarını tetebbu' ederek kendisine suâller tertib edip sorardı. Bunların hiçbirisini görmediği ve Türkçeyi de yeni konuşmağa başladığı hâlde, cevabında tereddüd etmezdi. Bir gün kitapları görür ve Tâhir Paşa’nın bunlardan suâl tertib ettiğini anlayarak az bir zamanda kitapların muhtevâsını elde eder.
O zamanda en büyük gaye ve düşüncesi, Mısır’daki Câmiü'l‑Ezher’e mukâbil Bitlis ve Van’da “Medresetü'z-Zehrâ” isminde bir dâru'l-fünûn vücûda getirmekti. Bu teşebbüsünü kuvveden fiile çıkarmak niyetinde olup bunu tasarlıyordu.
Van’da yaz zamanlarını, Bâşit ve Beytüşşebab nâmındaki yaylalarda geçiriyordu. Bir gün Tâhir Paşa’ya, mezkûr dağların başında Temmuzda bile buz bulunduğunu söyler. Tâhir Paşa i'tirâz eder ve “Temmuzda kat'iyyen oralarda buz bulunmaz” iddiasında bulunur. Yaylada iken bir gün bunu hatırlayarak Tâhir Paşa’ya yazdığı ilk Türkçe mektûbunda der:
– Ey Paşa! Bâşit başında buz tuttu. Görmediğin şeyi inkâr etme. Her şey senin ma'lûmâtında münhasır değildir, vesselâm!
Molla Said, aşîretler arasında olan herhangi bir geçimsizliği işitince hemen müdâhale ederek, irşad yoluyla her iki tarafı da derhâl barıştırırdı. Hattâ hükûmetin bile barıştırmaktan âciz kaldığı Şeker Ağa ile Mîran Reisi Mustafa Paşa’yı barıştırdı. Ve Mustafa Paşa’ya:
– Daha tevbe etmedin mi? diye sorunca, Mustafa Paşa da cevaben:
– Seydâ! Ne söylerseniz sözünüzden çıkmam, demiştir.
Mustafa Paşa, at ile para teberru etmek ister. Bediüzzaman reddederek:
– Şimdiye kadar kimseden para almadığımı işitmediniz mi? Bâhusus sizin gibi zâlimden nasıl para alırım? Ve siz gâliba tevbenizi bozdunuz, şu takdirde Cezîre’ye ulaşamazsınız, demiştir.
Ve hakikaten Cezîre’ye yetişmeden yolda öldüğünü haber alır.
Bediüzzaman, riyâziyede hàrikulâde bir sür'at‑i intikale mâlik idi. Herhangi bir müşkül mes'eleyi, zihnen hemen hallederdi. Hattâ Cebir Mukàbele ilminde bir risale te'lif etmişti. Tâhir Paşa nezdinde hesab mes'eleleri münâkaşa mevzûu olduğunda hesaba dair hangi mes'ele bahsedilse başkaları ve en mâhir kâtibler neticeyi bulamadan, Molla Said zihnen çıkarıyordu. Çok defalar böyle yarışlara girişir ve umumunda dâima birinci gelirdi. Bir defasında şöyle bir suâl sordular:
– Onbeş müslim, onbeş gayr‑ı müslim farzedilerek, birbiri ardına dizilince bunlara yapılacak her kur'ada gayr-ı müslime isabet etmesi matlûbdur. Nasıl taksim edilir?
Bu suâle cevaben:
– Bunların yüz yirmidört vaziyet‑i muhtemelesi vardır, diyerek yapar.
Hem de der:
– Bundan daha müşkülünü de kendim icâd ederim. İkibin beşyüz vaziyet‑i muhtemeleye göre yaparım.
İki saat zarfında yüz adamdan elli aded gayr‑ı müslimi o vaziyette taksim eder ki, dâima kur'ayı gayr-ı müslime düşürür. Ve hattâ beş yüz gayr-ı müslim olmakla iki yüz elli bin vaziyet-i muhtemele üzerine bir mes'ele çıkarttı ve Tâhir Paşa’ya göstererek bir risale şeklinde yazdı.
Bediüzzaman, Van’da bulunduğu zamanlarda, Vâli Tâhir Paşa ile bazı gazetelerden havadis okurdu. Bilhassa İslâmiyeti alâkadar eden hususlara dikkat ederdi. Van’daki ikameti esnâsında, Âlem‑i İslâmın vaziyetini bir derece öğrenmiş bulunuyordu. Bir gün Tâhir Paşa bir gazetede şu müdhiş haberi ona göstermişti. Haber şu idi: