Van’da mâruf ulemâ bulunmadığından, Hasan Paşa’nın dâveti üzerine Molla Said Van’a gitti. Van’da onbeş sene kalarak, aşâirin irşadı için aralarında seyahatle tedrîs ve tederrüs vazifesiyle hayat geçirdi. Van’da bulunduğu müddet, vâli ve memurîn ile ihtilât ederek, bu asırda, yalnız eski tarzdaki İlm‑i Kelâmın, İslâm Dini hakkındaki şek ve şübhelerin reddine kâfî olmadığına kanâat hâsıl etmiş ve fünûnun tahsiline lüzum görmüştür.
Bu kanâati hâsıl ettiği o zamanda, ulûm‑u müsbete denilen bütün fenleri tetebbu'a başlayarak pek kısa bir zamanda Tarih, Coğrafya, Riyâziyât, Jeoloji, Fizik, Kimya, Astronomi, Felsefe gibi ilimlerin esâslarını elde etmiştir. Bu ilimleri bir hocadan ders alarak değil, yalnız kendi mütâlaası sâyesinde hakkıyla anlamıştır.
Meselâ: bir Coğrafya muallimini, mübâhaseye girişmeden evvel, yirmidört saat içerisinde eline geçirdiği bir coğrafya kitabını hıfzetmek sûretiyle, ertesi gün Van Vâlisi merhum Tâhir Paşa’nın konağında onu ilzam eder. Ve yine aynı sûrette bir muâraza neticesinde beş gün zarfında Kimya‑yı Gayr-ı Uzvîyi (İnorganik Kimya) elde ederek, kimya muallimiyle muârazaya girişir ve onu da ilzam eder.
İşte pek genç yaşındaki mezkûr hàrikulâdeliklere ve bahr‑i ummân hâlinde bir ilme mâlikiyetine şâhid olan ehl-i ilim, Molla Said’e “Bediüzzaman” lakabını vermiştir. Bediüzzaman, Van’da bulunduğu müddet zarfında, o zamana kadar edindiği fikir ve mütâlaalar ve ilmî ve dinî tedrîs usûllerini görmek ile ve zamanın ihtiyac-ı zarûrîlerini nazar-ı itibara almakla kendisine mahsûs bir usûl-ü tedrîs icâd eder. Bu da, hakàik-ı diniyeyi asrın fehmine uygun en yeni izâh ve beyân tarzlarıyla isbât etmek sûretiyle talebelerini tenvir etmektir.