La difusión y expansión de Risale‑i Nur continúa ampliándose día a día… Cada vez más personas leen las obras de Nur con entusiasmo. Los enemigos ocultos del Islam, al observar el impacto extraordinario y los resultados de la poderosa influencia de Risale-i Nur, tramaron otra conspiración contra estas obras y su autor, Bediüzzaman. Acusaron a Bediüzzaman de “formar una sociedad secreta, incitar al pueblo contra el gobierno, destruir las reformas desde sus cimientos, llamar a Mustafa Kemal 'Deccal' y 'Sufyan', y demostrarlo con hadices.” Utilizando estas y otras excusas como pretexto, en 1943, Bediüzzaman fue trasladado desde Kastamonu al Tribunal Penal Superior de Denizli junto con 126 de sus estudiantes.
Un comité compuesto por varios funcionarios fue formado para investigar si había algún contenido político en la Colección Risale‑i Nur. Se comenzaron a examinar las obras confiscadas y las cartas relacionadas. Sin embargo, Bediüzzaman declaró: “Este comité inexperto no puede examinar Risale-i Nur. Debería formarse un comité académico de alto nivel en Ankara. Que se traigan filósofos de Europa. Si ellos encuentran algún delito, estoy dispuesto a aceptar la pena más severa.”
Siguiendo esta solicitud, la Colección Risale‑i Nur y todas las cartas fueron examinadas línea por línea por un comité de expertos compuesto por profesores y eruditos de alto nivel en Ankara. El comité concluyó que: “Bediüzzaman no tiene actividades políticas. Su método no incluye sociedades secretas ni prácticas sufíes. Sus obras son científicas y de carácter espiritual, y constituyen una exégesis del Corán.” Las acusaciones contra él se demostraron como infundadas, basadas únicamente en excusas fabricadas.
Finalmente, Bediüzzaman presentó una gran defensa en el tribunal. El 16 de junio de 1944, el tribunal dictó unánimemente la absolución con el número de expediente 199/136. Todas las 130 obras de Risale‑i Nur fueron liberadas y devueltas a sus propietarios. La Primera Sala de lo Penal del Tribunal de Casación confirmó por unanimidad este veredicto el 30 de diciembre de 1944, y el caso de Risale-i Nur fue cerrado con la declaración de su legitimidad y autenticidad.
Después de permanecer en prisión durante nueve meses, Bediüzzaman Said Nursi y algunos de sus estudiantes fueron liberados tras el fallo de absolución. Sin embargo, mientras estaba en la cárcel, envenenaron a Said Nursi, poniendo en grave peligro su vida. Aunque sobrevivió gracias a la ayuda divina, fue sometido a torturas, persecuciones e injusticias que no tienen precedentes en la historia. En todos los tribunales en los que compareció, incluyendo el juicio donde se planeaba su ejecución, Bediüzzaman defendió la verdad y la justicia sin miedo y despreciando la muerte.
Durante su encarcelamiento en Denizli, escribió el “Tratado del Fruto”. Este tratado fue posteriormente publicado al comienzo de la obra Vara de Moisés. Bediüzzaman escribió el Tratado del Fruto en dos viernes. Todos los estudiantes de Nur y otros prisioneros en la cárcel copiaron el tratado y se dedicaron a sus verdades. En la prisión no se permitía introducir papel. Este tratado fue escrito en secreto. Incluso lo escribieron en cajas de fósforos y trabajaron bajo estas difíciles condiciones.
Carta escrita de puño y letra por el Maestro y enviada a sus estudiantes mientras se encontraba en la Prisión de Denizli:
Estimados hermanos verídicos,
Por esta acta de acusación se ha comprendido que los planes de los ateos clandestinos, quienes engañaron a algunos miembros del gobierno e instigaron en nuestra contra, han fracasado y han resultado ser mentira. Ahora, como una excusa y mediante la imputación de formar una asociación y un comité, intentan encubrir sus falsedades, ve como un reflejo de esto, no permiten que nadie tenga contacto conmigo. Es como si quienquiera que me contacte se convirtiera de repente en uno de los nuestros. Incluso los altos funcionarios se muestran muy cohibidos y, al causarme molestias, buscan hacerse querer ante sus superiores. Especialmente(حا ص م د b ر)yo, iba a agregar el siguiente párrafo al final de mi escrito de objeción; sin embargo, una idea me lo impidió. Dicho párrafo es el siguiente: Sí, nosotros somos una asociación
y poseemos una asociación tal que, en cada siglo, cuenta con trescientos millones de integrantes, quienes cada día, cinco veces, demuestran con absoluto respeto su vinculación y servicio a través de los principios de esa sagrada asociación; yاِنَّمَا الْمُؤْمِنُونَ اِخْوَةٌcon su programa sagrado, acuden en ayuda mutua con sus súplicas y ganancias espirituales. He aquí que nosotros somos miembros de esta sagrada y magna asociación, y nuestra tarea particular consiste en dar a conocer las verdades de la fe del Corán de una manera verificada a los creyentes, salvándolos a ellos y a nosotros mismos de una ejecución eterna y de un confinamiento solitario perpetuo. No tenemos ninguna relación con las demás asociaciones y comités mundanos, políticos e intrigantes, ni nos rebajamos a ello.