Dado que no había eruditos conocidos en Van, aceptó la invitación de Hasan Pasha y se trasladó allí. Pasó quince años en Van, viajando entre las tribus nómadas para guiarlas, enseñarlas y estudiar con ellas. Durante su estancia en Van, interactuó con el gobernador y otros funcionarios, y llegó a la conclusión de que, en esta era, el antiguo enfoque tradicional de la teología islámica (Ilm‑i Kelâm) no era suficiente para refutar las dudas y objeciones dirigidas contra el Islam. Por lo tanto, consideró necesario el estudio de las ciencias modernas.
En ese tiempo, cuando llegó a esta convicción, comenzó a estudiar todas las ciencias conocidas como ciencias positivas y, en un período muy corto, adquirió los fundamentos de disciplinas como Historia, Geografía, Matemáticas, Geología, Física, Química, Astronomía y Filosofía. Estas ciencias no las aprendió de un maestro, sino que las comprendió plenamente gracias a su propio estudio autodidacta.
Por ejemplo, cuando un profesor de Geografía propuso discutir con él, Bediüzzaman memorizó en solo veinticuatro horas un libro de geografía que obtuvo, y al día siguiente, en la mansión del gobernador de Van, el difunto Tahir Pasha, lo refutó por completo. De manera similar, tras otro desafío, logró dominar la Química Inorgánica en un período de cinco días y refutó también al profesor de Química.
Estas extraordinarias capacidades y su vasto conocimiento en una etapa tan joven llevaron a los eruditos de su tiempo a otorgarle el título de “Bediüzzaman” (la maravilla de la época). Durante su estancia en Van, basándose en sus experiencias previas, observaciones y los métodos tradicionales de enseñanza religiosa y académica, y teniendo en cuenta las necesidades urgentes de la época, Bediüzzaman desarrolló un método de enseñanza único. Este consistía en iluminar a sus estudiantes demostrando las verdades religiosas con explicaciones y argumentos que se ajustaban al entendimiento contemporáneo.